庆长六年（1601）八月十一日，一个噩耗从郡山城传出——智云院病逝了。

秀保执掌大和丰臣氏后，大力建设郡山、御东山两座山城，秀吉去世后，又将政治中心转移到了伏见城，加上在三城周边构建的防线和水寨，最终形成了“三都四线五寨”格局，同时，以郡山为经济中心、御东山为军事中心、伏见为政治中心的模式基本形成。

虽说秀保长期坐镇伏见处理政事，将家眷接往伏见更为妥帖，但智云院在毛利氏侵扰近畿时受到惊吓，加之丰臣秀长去世后一直气虚体弱，大多时间只能卧床，在菊姬的建议下，选择留在郡山养病，并由菊姬和持子陪护照顾。

遗憾的是，无微不至的照顾最终并没有过多延续智云院的寿命，秀保遵从她的遗愿，将其与丰臣秀长合葬，一并供奉在京都的丰国神社，使得这对阴阳相隔十年的夫妻最终得以团聚。

对于智云院，这位丰臣秀长遗孀、秀保养母的离世，全国大名都表现出了极大重视，纷纷派遣重臣前往伏见祭奠，伏见城一时间竟是车水马龙、人声鼎沸。也就在此时，时任太政大臣的菊亭晴季，也就是秀保侧室持子的兄长，和权大纳言、担任武家传奏的久我敦通上奏朝廷，请以秀保为左大臣，官阶也升至从一位。

菊亭晴季虽是清华家，但长期受到以近卫氏为首的摄关家的压制，一度郁郁不得志，在右大臣之位上徘徊多年。最终是在秀保的强力推荐下，才一步步升至公家的顶点太政大臣，虽说这早已成为虚职，但也算是扬眉吐气了一把。更重要的是，向世人展现了秀保对清华家的支持，使得摄关家不敢造次。

久我敦通与菊亭晴季同属清华前七家，此番跟进晴季，一方面是体现清华家内部的团结，另一方面是展现自己对秀保的态度，毕竟之前他可是站在高台院一边的，如今能有此良机，何乐而不为呢？

因此，那些刚悼念完智云院的大名家臣，还没动身，便又再次奔往秀保府上，对他的升迁表示祝贺。

担任左大臣，意味着离关白之位仅一步之遥，加之如今的关白九条兼孝不过是秀保扶植上去的一个傀儡，任由秀保摆布，随时可以一脚踢开。有人说这是为秀赖继任关白扫清障碍、铺平道路，可身在下总的石田三成心中却充满了忧虑：“这究竟是为了秀赖，还是为了他自己呢？”

庆长六年似乎是个不安稳的年份，智云院病逝不久，坐拥出云、伯耆两国三十二万石知行的小早川秀秋也因病去世，因为没有子嗣，且作为木下家定的儿子、高台院宁宁的侄子受到秀保的警惕，加之会津之战中首鼠两端表现，都让秀保决定将他的封地纳入藏入地，委派其附近的代官进行管理，小早川氏的家臣也大都得到很好的安置，其中不少人更是直接进入了秀保的麾下。